As origens do município vêm dos projetos de colonização implantados por particulares. Em 1962, Zeferino José de Matos adquiriu extensa área de terras da imobiliária Mirassol, tornando-se o grande pioneiro do lugar.
O povoamento da localidade teve início em 1966, após doação de 1,2 alqueires de terra para formação do patrimônio.
A facão, foice e machado, assentaram quatro marcos no centro das medições, donde partiam quatro linhas, formando 90º entre elas. Eram dois caminhos que se cruzavam. Essas linhas correspondem, hoje em dia, às avenidas São Paulo e Dr. Guilherme Pinto Cardoso. Devido aos quatro marcos no centro do loteamento, o lugar tomou o nome de Quatro Marcos, sendo acrescentado, posteriormente, o nome de São José, o santo da devoção da comunidade. Desta forma a localidade tomou o nome de São José dos Quatro Marcos.
A Lei nº 3.934, de 4 de outubro de 1977, criou o distrito de São José dos Quatro Marcos. A Lei Estadual nº 4.154, de 14 de dezembro de 1979, criou o município, com a denominação simplificada para Quatro Marcos. A população interveio e exigiu o nome completo, São José dos Quatro Marcos, conseguindo o objetivo através da Lei nº 4637, de 10 de janeiro de 1984.